Các viên chức quân sự miền Nam cho biết cả hai đều là tên lửa Musudan.
Vụ phóng đầu thất bại trong khi vụ thứ hai đang được phân tích.
Bắc Hàn bị các nghị quyết của Liên Hiệp Quốc cấm sử dụng bất kỳ công nghệ tên lửa đạn đạo do chương trình vũ khí hạt nhân của họ.
Bốn tên lửa khác được phóng thử trong hai tháng gần đây được ghi nhận có thể phát nổ giữa không trung hoặc bị rơi.
Thủ tướng Nhật Shinzo Abe cho biết nếu vụ thử mới nhất được xác nhận là một tên lửa đạn đạo, điều này “rõ ràng không thể được dung thứ”.
Các nước lân cận đã phát hiện việc Bắc Hàn chuẩn bị thử tên lửa từ vài ngày trước và cảnh báo rằng việc đó sắp xảy ra.
Nhật cho biết sẽ bắn hạ tên lửa nếu nó đi vào không phận nước này.
Tên lửa Musudan được cho là có tầm bắn khoảng 3.000 km, đủ để vươn tới Nam Hàn, Nhật và đảo Guam, lãnh thổ Mỹ ở Tây Thái Bình Dương.
Nhưng Bắc Hàn được cho là có hàng chục vụ thử tên lửa Musudan nhưng chưa bao giờ thành công.
Phóng viên BBC Steve Evans ở Seoul nói rằng thất bại của vụ thử tên lửa cho thấy những khó khăn về công nghệ mà Bắc Hàn đang phải đối mặt khi xây dựng một kho vũ khí hạt nhân nhằm tấn công các mục tiêu ở xa.
Các vụ thử tên lửa lặp đi lặp lại cũng cho thấy quyết tâm của Bình Nhưỡng, ông nói thêm.